柴油发电机组机房通风是很重要的。必须保证充足的空气流通，以排放发动机、发电机及其附属设备产生的热量，烟雾和废气，并补充燃烧所需空气。通风气流应保证机房温升低于10度。
如何计算通风口面积：机舱通风净面积应该为水箱端面积的1.25倍。例如：水箱端面为1m2，则舱壁上进、出风口净面积至少各为1.25m2。如果风口设有百页窗，还必须考虑其有效面积，例如有效面积为80%，则上述风口面积至少为：1.25m2/0.8=1.56m2。在选择风口位置时还应该考虑风的流向，即风尽可能流过柴油机全身，带走部分热量。
注意：柴油机本身最高可承受60的温度，而参与燃烧的空气进口不可超过40，因此还应该合理选择空气滤清器的安装位置。
当水箱安装位置不合理时，往往形成热风回流短路的情况，这种情况的危害性很大：
1.使环境对机器的开锅温度(ATB)急剧降低，有时超过10℃。
2.若机器的正常最高使用环境温度为50℃，此时它可能将下降到32℃，极易开锅。
3.由于环境温度被变相加热，中冷器的冷却效果被降低，进气量减少，排气温度急剧上升。若此时空气被加热10℃，有些机器排温上升约100℃.
4.此时柴油机的工作效率很低，油耗增加。
5.柴油机在不正常的高温下工作，运动部件将会加速磨损。
柴油发电机有空气冷却和水冷却两种冷却方式，当采用风冷冷却方式时，要求柴油发电机房最高温度不应大于35℃。技术措施于是给出了复杂的计算公式和估算值。其实在《柴油发电机组设计与安装》中给了根据康明斯的样本给出的最小进风面积和排风面积。在柴油发电机房有条件直接做进风和排风竖风道时直接按这个尺寸就好了，这个属于自然进风，机组自带压力排风的情况。如果柴油发电机房内没条件做进排风竖风道或者面积不够时，需要增设送排风机保证风量的供给和排出，风量在这个表里也有提供，风压要根据您设计时的实际情况计算了。当柴油发电机房采用水冷却时,可按柴油机额定功率计算进风量。需要注意的是柴油发电机房排风量应为进风量减去燃烧空气量。